Жанр: Фантастика

Режиссер: Бред Райт

В ролях:  Джо Флениган, Тори Хиггинсон, Девид Хьюлет, Рэйчел Латрелл, Рейнбоу Франкс, Пол МакГиллон

О фильме: Премьера третьего сезона в США состоялась 14 июля 2006 года. Команде Атлантиды удалось остановить флот рейфов, не дав им достигнуть Земли. Потерпев очередную неудачу с ретровирусом, команда встречает третий год в галактике Пегас, всё еще находясь под опасностью нападения рейфов. Также в новом сезоне они находят еще более страшных врагов — расу асуранцев. Кроме того, в результате неудачного эксперимента они полностью разряжают свой МНТ и снова остаются без связи с Землей и защитного поля города. Очень скоро в космосе они находят затерянный корабль Древних, экипаж которого «конфискует» Атлантиду и выгоняет оттуда экспедицию, как только попадает в город. Командный центр Звёздных врат посылает в Атлантиду генерала О’Нилла и Ричарда Вулси с дипломатической миссией о восстановлении отношений между Землей и Древними и возврате экспедиции в город. Однако очень скоро О’Нилл и Вулси связываются с Землей и сообщают, что город был захвачен асуранцами, а все Древние были убиты. В конечном счете команде Атлантиды удается отбить город.
В последнем эпизоде сезона Земля наносит упреждающий ядерный удар по родной планете асуранцев с целью предотвратить строительство их флота, с помощью которого репликаторы Пегаса намеревались опять захватить Атлантиду. Асуранцы атакуют в ответ при помощи спутника с мощным лучевым оружием, но земной экспедиции удается вывести город из-под удара за счет отремонтированных репликаторами двигателей. Сезон заканчивается, когда Атлантида с земной экспедицией оказывается в космическом пространстве на полпути к целевой планете в условиях, когда заряда всех МНТ города должно хватить на 24 часа работы щитов, а доктор Вейр находится при смерти.